Primo Trento RUG Meeting – Resoconto della serata

Il 25 Maggio 2017 si è svolto a Trento il primo meeting organizzato dal Trento RUG.

All’incontro hanno partecipato circa quindici persone. La serata è iniziata alle 20 circa e si è conclusa intorno alle 23. Successivamente si è continuato a discutere anche fuori riguardo le questioni emerse nel corso delle presentazioni.

La scaletta della serata, aggiornata in corso d’opera grazie alla presenza di Cristiano, prevedeva:

  1. Pacchettizzare codice R (Emanuele)
  2. Il pacchetto OpenData del Trento User Group (Giacomo)
  3. Spiegare R ai non esperti (Cristiano)
  4. R nell’ecologia applicata: i movimenti degli animali (il gruppo di Ecologia Applicata della Fondazione Edmund Mach: Federico, Giulia, Tobia, Nathan, Johannes)

 

  1. Pacchettizzare Codice R
    Emanuele ha illustrato il suo contributo riguardo come trasformare codice R in un comodo e ordinato pacchetto. Nella sua presentazione ha brevemente illustrato i vantaggi pratici di questa operazione, per poi approfondire pezzo per pezzo le parti necessarie di un pacchetto. Alla fine ha suggerito alcune interessanti letture di approfondimento.

  2. Il pacchetto Open Data del Trento User Group
    Giacomo ha illustrato il lavoro compiuto dal Trento RUG con il pacchetto opendata. Nella sua presentazione ha inizialmente descritto il problema di reperire con facilità dei dati che sono effettivamente “aperti”, ma che a causa delle complicazioni nelle operazioni di scaricamento risultano difficili da trattare. Ha approfondito alcuni aspetti chiave del pacchetto, evidenziandone punti di forza (la facilità di reperire i dati direttamente dalla linea di comando R) e di attuale debolezza (la necessità di avere già una conoscenza approfondita del dato da reperire). Alla fine ha tratteggiato brevemente le linee guida riguardo il lavoro ancora da fare, invitando eventuali possibili contributori a farsi avanti.

  3. Spiegare R ai non esperti
    Cristiano ha descritto la sua esperienza nel proporre corsi di formazione su R per istituzioni pubbliche. Ha brevemente illustrato potenziali problematiche nel presentare caratteristiche e punti di forza del linguaggio R a un pubblico con background, interessi e motivazioni diverse. Ha poi approfondito degli aspetti specifici riguardanti la reperibilità, la gestione e l’analisi di dati GIS provenienti da istituzioni pubbliche per problematiche specifiche come il monitoraggio e la prevenzione di eventi ambientali. Nelle conclusioni e nella discussione conseguente lui e altri partecipanti hanno avanzato l’ipotesi di incontri a tema su problemi specifici, ad esempio l’analisi di serie temporali con R.
  4. R nell’ecologia applicata: i movimenti degli animali
    Federico ha introdotto il lavoro del suo gruppo di ricerca nell’ambito dell’ecologia applicata, definendo alcuni concetti – chiave, sia tecnici, sia teorici, per comprendere i lavori che sarebbero stati illustrati in seguito. Inoltre ha presentato l’utilizzo di pacchetti per modellizzare l’uso dello spazio da parte del capriolo, specificatamente attraveros Generalized Linear Models (GLMs) e Generalized Additive Models (GAMs), con o senza effetti random (mixed effects models) che permettano di tener conto delle forti variazioni comportamentali tra individui. Giulia ha illustrato l’importanza di R per analizzare le comunità di piccoli mammiferi (ovvero insiemi di diverse specie che coesistono e – a certi livelli – interagiscono tra loro). In particolare, facendo riferimento al suo lavoro di tesi, Giulia ha mostrato come un’analisi mediante PCA (analisi multivariata), avvalendosi prevalentemente del pacchetto vegan, permetta di capire come la comunità di piccoli mammiferi cambia in relazione alla tipologia ambientale dove si effettua il campionamento.
    Tobia ha descritto in maniera teorica l’utilizzo del pacchetto R
    adehabitat, ed in particolare del sotto-pacchetto ltraj, per analizzare le traiettorie di individui di capriolo marcati mediante radiocollare GPS-GSM. In particolare, tale pacchetto permette di calcolare alcuni parametri fondamentali della traiettoria degli individui quali la step length e il turning angle: la prima indica l’ampiezza spaziale degli spostamenti degli animali, mentre il secondo parametro serve per determinare la direzionalità degli stessi. Da un punto di vista applicativo, ltraj può essere usato per comprendere spostamenti degli animali quali la migrazione.
    Nathan ha evidenziato come R possa essere utilizzato per la messa punto di Species Distribution Models, ovvero modelli che basandosi sulle localizzazioni degli animali permettono di comprendere le aree più idonee alla persistenza degli stessi, ed infine di predire aree potenzialmente idonee per specie in fase di espansione di areale (e.g.: il caso dello sciacallo dorato).
    Johannes ha mostrato come R possa essere utilizzato per un nuovo approccio per lo studio dell’habitat da parte degli animali, cioè il ‘sequential habitat’: con questo approccio, usando tecniche di allineamento di sequenze tipicamente usate nell’ambito della genetica e biologia molecolare (SAM), Johannes ha effettuato un’analisi spaziotemporale relativamente all’uso dello spazio da parte degli animali. Questa metodologia permette non solo di capire quali tipologie ambientali vengono usate da un certo animale (il che sarebbe simile ad un ‘classico’ studio di selezione dell’habitat)  ma anche l’ordine temporale con cui vengono usate, di estrema rilevanza per i biologi.

L’incontro e la discussione successiva al meeting sono stati molto partecipati.
Nei prossimi mesi il TN – RUG sarà impegnato nelle seguenti iniziative:

  • Prosecuzione e ampliamento del lavoro riguardante il pacchetto sui dati aperti;
  • Attività di incontri e discussione su quanto svolto fino adesso;
  • Contatti con altri RUG, ad esempio quello di Milano;
  • Organizzazione meeting successivi / incontri a tema.

Il TN RUG ringrazia tutti per la partecipazione e da a tutti appuntamento ai prossimi post.

Annunci

Rispondi

Inserisci i tuoi dati qui sotto o clicca su un'icona per effettuare l'accesso:

Logo WordPress.com

Stai commentando usando il tuo account WordPress.com. Chiudi sessione / Modifica )

Foto Twitter

Stai commentando usando il tuo account Twitter. Chiudi sessione / Modifica )

Foto di Facebook

Stai commentando usando il tuo account Facebook. Chiudi sessione / Modifica )

Google+ photo

Stai commentando usando il tuo account Google+. Chiudi sessione / Modifica )

Connessione a %s...